在澳洲大堡礁的深海中,小丑鱼爸爸玛林和儿子尼莫简单幸福的生活着,可是爸爸做事常常畏首畏尾,是个胆小鬼,尼莫觉得爸爸很不勇敢,甚至有点看不起自己的爸爸。小尼莫却天不怕地不怕,跟同伴们去水面玩耍的时候,竟然被渔网捞了起来,辗转被卖到一家牙医诊所。玛林对儿子的生死未卜感到十分的担忧,就算平时不能大胆行事,为了儿子也要勇敢豁出去了。可是在路上遇到了很多艰难与恐惧,令他十分胆怯。幸好他遇到了好心的多瑞,一路与他作伴。父子俩都遇到了很多热心的帮助,最终都能重逢,玛林也从此成为儿子以及大家心中的英雄。
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